チャブーンです。
この件ですが、Windows OSのシステム領域やブート領域に関しては、原則的にDAS(Direct Access Storage)を前提に実装されている理解です。
「仮想基盤の外部ストレージ」が、仮想OSからみてWindowsのシステム・ブート領域の仮想ディスクを格納しているなら、OSの動作と不可分の状況ですから、OSとしての動作が進行しない、といったことはありえるでしょう。
そうではなく、OSから見たデータ領域という場合ですが、念のためOSがらみのシステムファイルやデータ類がないか、確認するといいのではないでしょうか。Pagefile.sysとかイベントログファイル(.evtx)がそこに格納されている場合、問題が起こる可能性はあり得ると思います。
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