チャブーンです。
#多少イヤミに聞こえてしまうかも知れませんが
いただいた概要 (起こった問題のアウトライン) だけから、システムトラブルを判断できる「超能力者」はいないんじゃないでしょうか。
ですから、何が問題となっているのか、をマズ調べるといいと思います。
まず、通信がいつからできなくなっているのか、を特定して、そのタイミングより前のイベントログ(サーバAとサーバB両方の)を見て、内部問題がどう起こっているのかをみるといいのかしら、と思います。また、VPN に問題が起こった場合、トレースログを有効にすることで、詳細な状況確認ができます。
ちなみに、どうしてもこの時点で「原因と対応方法」が欲しいという場合、私であればまず DNS 名前解決の問題をチェックします。サーバB上で、Active DIrectory DNS 以外の DNS サーバを指定してるような場合、「とりあえず接続できるが、なにかのタイミングで接続ができなくなる」という問題が起こることがあります。これは、参照先 DNS サーバは常に最初(優先)が利用されるわけではないためです。
ドメインコントローラの NIC が2つある場合、片側が(クライアントから見て)IP通信できなければ、同じような問題が発生します。