初めまして
質問者様の上記質問に関して、自分も同じ状況になりましたが、一応解決策が見つかりましたので、お伝えします。
尚、同件は、Windows Server 2003のサポート切れに伴う、Windows Server 2012 R2への移行検証として実施してます。
検証環境
ADサーバー： AD#01
Windows Server 2003 SP1 （ESXi6.0 仮想マシン上）
追加DCサーバー： AD#02
Windows Server 2012 R2 （ESXi 6.0 仮想マシン上）
前提条件
・Windows Server 2003サーバーのService Packは「2」が適用している事
・AD#02のDNS構成（優先DNSサーバー）にて、AD#01のIPが登録されている事
・AD#01サーバーのメンバーサーバーとして、AD#02サーバーが構成されている事
・AD#02サーバーより、DNSの名前解決がされている事 （ホスト名及びホストのFQDNで名前解決が出来ている）
（例）Ping AD#01 / ping AD#01.hoge.local / ping hoge.local
・AD#01サーバーのDNSの構成で、AD#02サーバーのAレコードが登録されている事 （確認）
（他のサーバーでDNSを構成している場合は、他のサーバーが対象となる）
前提作業
01. AD#01号機のService Packを１から２にアップデートする。
02. AD#01号機より、「Active Directory ドメインと信頼関係」及び、「Active Directory ユーザーとコンピュータ」のそれぞれのドメインを選択した後、
右クリックの機能レベルを選択して「ドメインの機能レベル」及び「フォレストの機能レベル」をそれぞれ「Windows Server 2003」に上げる。
DC構成
01. AD#02号機の「サーバー マネージャー」より、「役割と機能の追加」から、「Active Directory ドメイン サービス」をチェックして、役割をインストールする。
02. 役割のインストール終了後、「サーバー マネージャー」の「通知」アイコンを押下して、「このサーバーをドメイン コントローラーに昇格する」のリンクをクリックする。
03. ウィザードの「配置構成」より、「既存のドメインにドメイン コントローラーを追加する」にラジオボタンが入っている事と、「この操作のドメイン情報を指定してください。」にドメインコントローラーの情報が入っている事を確認の上、「次へ」ボタンを押下する。
04. ウィザードの「ドメイン コントローラー オプション」より、「ドメイン ネーム システム（DNS）サーバー」及び「グローバル カタログ（GC）」のチェックボックスにチェックが入っている事を確認し、サイト名が「Default-First-Site-Name」になっている事を確認した後、「ディレクトリ サービス復元モード（DSRM）のパスワードを入力してください」にパスワードを入力し「次へ」ボタンを押下する。
※パスワードは、複雑なパスワードを入力（英文字の大文字・小文字・特殊文字・数字の内より3種類8文字以上）
05. ウィザードの「DNS オプション」は何も指定せずに、「次へ」ボタンを押下する。
06. ウィザードの「追加オプション」より、「レプリケート元」が「任意ドメイン コントローラー」が選択している事を確認の上、「次へ」ボタンを押下する。
07. ウィザードの「パス」より、AD DSの情報を保存するパスを確認の上、「次へ」ボタンを押下する。
08. ウィザードの「準備オプション」より、情報の確認をして「次へ」ボタンを押下する。
09. ウィザードの「オプションの確認」より、定義情報を確認の上、「次へ」ボタンを押下する。
10. 前提条件が満たす事が出来れば、「インストール」ボタンを押下して、ADを構成する。
11. 構成完了後、メッセージに従い、OSの再起動を実施する。
上記手順で、AD#01のDCサーバーにAD#02をDCサーバーとして構成する事が出来ると思います。
尚、質問者様のADサーバーである「Windows Server 2003」ですが、多分Service Packが未適用又は、SP1ではと推測します。
本番環境へのWindows Server 2003のService Pack適用は影響が大きいため、事前のスケジュール及び検証を行った上で適用する事をお勧めします。
以上、失礼します。
名古屋のSE
