Server CoreでSQL Server 2008ってサポートされていましたでしょうか?サポートされていなかった(というよりもサポートされているもののほうが少ない)と記憶していますが…と思って調べてみました。
以下の「メモ」の欄に書かれている通り、Server Coreはサポートされていないようです。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/ms143506.aspx
>Windows Server 2008 Server Core および Windows Server 2008 R2 Server Core がインストールされている場合、
>SQL Server 2008 をインストールすることはできません。
Server Coreを使わない場合、.NET Framework 3.5 SP1はR2に含まれていますので、「機能の追加」に「.NET Framework 3.5.1」があるので、そこから追加してください。SQL Server 2008に付属のものは使えません。
Thanks, K.Kamegawa (http://d.hatena.ne.jp/kkamegawa/)