Tem alguns programinas que fazem isso
Massive File renamer
fastfilerenamer
Advanced Renamer
mas vc pode usar o comando rename, ele aceita expressão regular.
por exemplo vc quer remover o prefixo batata
batata1.txt,
batata2.txt,
batata3.txt etc.
tendo o seguinte resultado:
1.txt, 2.txt, 3.txt
rename "batata*.txt" "//////*.txt"