Boa noite.
Se no contrato obriga TROCAR o domínio da empresa adquirida será um pouco complexo pois envolve uma grande gama de conteúdo que você terá que levantar para trocar, porém o que eu acredito, seria melhor fechar uma VPN site-to-site, criar um novo servidor
de DC réplica da nova empresa Matriz, logo depois faça a relação de confiança com a empresa adquirida, migra os usuários e demais funções e depois de tudo migrado para o novo domínio, desfaça a relação e desligue o DC da antiga empresa.
https://social.technet.microsoft.com/wiki/contents/articles/5033.renomear-dominio-windows-2003-e-2008-pt-br.aspx#comment-9250
Ferramenta ADMT para migrar os usuários:
https://social.technet.microsoft.com/Forums/pt-BR/cab65cc3-c568-4871-94d3-7562c9a949f0/como-migrar-usando-admt-e-os-usurios-usarem-o-mesmo-perfil?forum=winsrv2008pt
Agora, se a empresa Matriz não se importar em manter o domínio da empresa adquirida, só faça a relação de confiança e depois veja uma melhor cenário para fazer a troca.
