O Dynamics CRM possui um controle de usuários que faz referencia ao AD para autenticação.
É possível fazer a transferencia dos servidores sem problemas, desde que seja por processo de Redeployment, neste caso é invisivel para o usuário, independente no dominio.
http://support.microsoft.com/kb/952934
Abs,
Ricardo Alves | www.ricardoalves.me