Juarez,
Falar sobre índice não é fácil!!!
Basicamente o índice que deve ser implementado com muito cautela, para evitar que seu principal objetivo que é melhor a performance possa realizar um feito ao contrário.
Você poder ter na mesma table vários índices sem utilizados, logicamente quando você esta trabalhando com índices compostos o custo de processamento que é necessário acaba sendo maior!!!
Em relação a uma table com chave primária composta trabalhando também com índices compostos, o custo de desempenho que você poderá gerar, vai depender da maneira que a query será processada. Para procurar trabalhar com os índices da melhor forma possível, é recomendável que você utilize as colunas do índice na claúsula where.
Mas se você estiver trabalhando com funções na claúsula where, o cenário já muda.
