Olá Adriano, eu tenho o SCCM instalado com o Endpoint Protection habilitado e funciona bem no Windows 10 sim. Veja as versões que estou usando:
Versão do cliente do SCCM: 5.00.8239.1000
Versão do client do antimalware: 4.9.10586.0
Versão do Mecanismo do Endpoint Protection: 1.1.12400.0
Edição: Windows 10 Education
Espero que seja útil.
Cláudio Costa - http://claudio-costa.blogspot.com