Se vc tem uma VPN nas duas pontas vc pode fazer uma vpn SITE-TO-SITE, assim a duas redes ficam interligadas diretamentos, assim todos os usuarios conseguem enchergar as maquinas da filial.
Tutorial para o Site-TO-Site
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc302474.aspx
Outa opção tbm é a impressão pela internet o IIS tem esse recurso que vc pode instalar e barsta publicar no ISA para quem quiser imprimir via internet.
http://www.juliobattisti.com.br/fabiano/artigos/printnetw2k.asp