Boa noite,
Com o comando Set-CsConferencingPolicy pode desabilitar a transferencia (EnableFileTransfer e EnableP2PFileTransfer) ou limitar a velocidade de transferencia (FileTransferBitRateKb) que por padrão vem 50MB/s.
Outro comando Set-CsFileTransferFilterConfiguration pode limitar o tipo de arquivos que podem ser transferidos.
Set-CsConferencingPolicy
http://technet.microsoft.com/en-us/library/gg425788(v=ocs.14).aspx
Set-CsFileTransferFilterConfiguration
http://technet.microsoft.com/en-us/library/gg425736(v=ocs.14).aspx
David