Olá amigo, isso é toda vez? Todos os dias? Se sim, olhe uma coisa 1º, veja a disponibilidade do seu Hardware, memória, iops do HD isso é muito importante, pois caso começe um pico muito algo de mensagens (fluxo) é fundamental o server está apto para isso.
Outra coisa, veja realmente no server do Exchange, se não tem nada agendado, pricipalmente o Backup do Windows ou outro fazendo backup nesse momento.
Abs;.