Ola Diego,
Quando mencionei criar, quis dizer registrar um novo servidor no Enterprise Manager. Voce pode fazer isso abrindo o Enterprise Manager, expandindo Microsoft SQL Server a esquerda, clicando com o botao direito do mouse sobre Microsoft SQL Server Group, selecionando a opção New SQL Server Registration, especificando o nome do servidor (nesse caso o nome da instancia MSDE), o usuario e senha (ou utilizando o Windows Authentication - caso voce esteja logado com um usuario que seja administrador da maquina). Com isso, voce podera gerenciar o MSDE no Enterprise Manager.
Caso voce nao saiba o nome da instancia MSDE, verifique no Control Panel, Administrative Tools, Services, e procure por MSSQL$xxx (onde xxx é o nome da instancia MSDE). Neste caso voce precisara especificar como nome do servidor SQL para registro como [NomeDoServidor]\[NomeDaInstancia].
Qualquer duvida, avise.
Abs.