Olá,
Boa pergunta!
Cara, antes de falarmos da mudança de ambientes, você deve ter atenção nos possíveis modelos de Backup pelo MOSS 2007, abaixo segue um link interessante sobre o assunto:
Back up and restore the entire farm
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc288019.aspxSobre a migração entre os servidores, se você tiver seguido todas as boas práticas de atualizações, service packs e etc no servidor de destino, independente se é 2003 ou 2008 você não deverá encontrar dificuldades pela mudança da versão.
Somente sugiro que invista tempo na disponibilização do novo ambiente, deixando-o estável, leve em consideração o fato do Windows Server 2008 ainda ser relativamente "novo" e tenha mais cuidado na infraestrutura que roda por trás do SharePoint (banco de dados, configuração dos farms...). ;)
Abaixo também listo alguns links muito interessantes sobre o MOSS 2007 x Windows Server 2008, vale muito a pena conferir.
Windows Server 2008 Resource Center for SharePoint Products and Technologies
Wagner M. Amorim
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SharePoint Professional
MCTS: .NET | WSS 3.0 | MOSS 2007
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Wagner M. Amorim
