Leonidas,
Eu perguntei porque o mesmo aconteceu comigo. No meu caso falhou também em várias estações, só que no meu caso identifiquei o seguinte:
Ex: Implantei o WSUS em Agosto/08, só que automaticamente já eram feitas atualizações antes do mesmo ser implantado. No meu computador o WSUS identificou que teria que instalar 17 atualizações, só que 8 dessas 17 já haviam sido instaladas, na hora de executar a instalação elas começaram a falhar, e somente 9 foram instaladas, demorei uns 10 dias para descobrir isso =).
Posso estar errado mas seu problema é semelhante ao meu, e no meu caso foi reportado alguns eventos de comunicação do WSUS.
Entenda isto foi um exemplo, posso estar errado na minha explanação ao tentar te ajudar.
Mas espero ter ajudado.
