Márcio,
Além de aplicar templates existentes, vc pode criar os seus próprios templates.
A aplicação dos templates pode ser feita por linha de comando, e consequentemente scripts. Este documento fala mais sobre isso:
http://www.microsoft.com/resources/documentation/windows/xp/all/proddocs/en-us/sag_scedefaultpols.mspx?mfr=true
Este é um exemplo de linha que aplica um template de segurança para desktpop:
secedit.exe /configure /db "XP Default Security.sdb" /cfg "Desktop.inf" - Fonte: Business Desktop Deployment
E este documento irá te ajudar a estabelecer os padrões a serem aplicados no seu ambiente:
http://www.microsoft.com/brasil/security/guidance/prodtech/winxp/secmod60.mspx
Até mais,
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