Ola Agricio,
Pelo Exchange 2003 não temos uma ferramenta para fazer isto, pode fazer via owa, MAPI ou coisa do genero. Ou ainda usar um software de terceiro no nomento não conheço nenhum.
Já vi gente apagando a mailbox e recriando, particularmente não achei muito viável mas é uma solução :)
Tu pode controlar os items na tua mailbox, mas não mandar um comando de limpeza.