Verifica se não é politica de usuário (GPO):
Tem uma politica que controla acesso as configurações de segurança:
User Configuration --> Administrative Templates --> Windows Components --> Internet Explorer -->
Politica: Turn off the security settings check feature
Descrição:
This policy setting turns off the Security Settings Check feature, which checks Internet Explorer security settings to determine when the settings put Internet Explorer at risk.
If you enable this policy setting, the feature is turned off.
If you disable or do not configure this policy setting, the feature is turned on.
Luís Antônio