jony_gms, bom dia!
A instalação do SQL Server poderá ser em qualquer HD, isso porque se o sistema operacional não estiver disponível logo não será possível acessar o SQL Server.
Porém o local de armazenamento dos arquivos dos bancos de dados é que fazem total diferença, é recomendado que os mesmos estejam e HD's diferentes e que possuam algum tipo de segurança ou alta disponibilidade.
Portanto o que você especificou em sua dúvida está correto, a instalação dos SQL Server pode ser no C e os arquivos podem ficar no D. Na maioria dos ambientes corporativos utilizamos tecnologia RAID.
Segue link da tecnologia RAID - http://pt.wikipedia.org/wiki/RAID
Luan.Moreno MTAC | MCP | MTA | MCTS | MCITP SQL Server Administrator / Developer 2008
