Luis,
Acredito que não seja possível não ter o software center e o silverlight, pois durante a instalação do cliente se você acompanhar os logs de instalação verá que ele checa se a maquina tem o silverlight instalado na maquina e caso não tenha, ele instala na
maquina antes de instalar o cliente e o software center é o "portal" por onde é possível acompanhar os aplicativos e updates disponives para instalação. Agora com relação a remoção do cliente do SCCM via console, por padrão não é possivel mas existe uma ferramenta
que você instalar no servidor do SCCM e ele "abre" novas funcionalidades na console, segue o link com um explicativo sobre o Right Click e o link para download.
Right Click Explicativo: http://myitforum.com/myitforumwp/2012/05/07/config-manager-2012-right-click-tools/
Right Click Download: http://psrightclicktools.codeplex.com/
Espero ter ajudado.
Allan
