Grande Alexandre! Tudo tranquilo?
Mano, este ISA Server 2004 que estás instalando em um servidor separado é o que vem no SBS 2003?
Caso seja, não poderás instalá-lo em um servidor separado. Podes até separar a função de servidor de arquivos, WSUS, Sharepoint e outros, além de poder instalar Domain Controllers adicionais, mas os softwares que vêm com o SBS (ISA, Exchange e SQL) não podem ser instalados em máquinas separadas.
Caso este seja seu caso, dá uma lida neste FAQ: http://www.microsoft.com/windowsserver2003/sbs/evaluation/faq/licensing.mspx .
Um grande abraço!