Olá Vinicius,
Você pode usar o System Center DPM da própria Microsoft, é uma opção barata e funcional, além de toda a integração com o Ambiente Microsoft. Acredito que hoje com relação a Custo Vs Benefício, seria uma aquisição bastante interessante.
Utilizamos ele aqui na Green para fazer backup de todo o nosso ambiente (Exchange, SQL, File Server, etc.) e funciona muito bem.
Acesse o site do produto e procure conhecer um pouco mais sobre ele:
http://www.microsoft.com/brasil/servidores/systemcenter/dpm/howtobuy/default.mspx
Espero ter ajudado!
Abçs,
Rogério Molina rogeriomolina@hotmail.com mcsgreen@yahoogrupos.com.br