Boa noite,
Bruno todos os requisitos de hardware e software estão OK?
Você está seguindo alguma documentação?
Caso negativo veja se o artigo que eu escrevi lhe ajuda:
http://www.guiamcse.com.br/artigos/Windows_Server_Update_Services_SP1.pdf
Apesar do artigo ser baseado no windows Server 2003 ele provavelmente irá lhe ajudar.
Provavelmente você deve ter seus motivos para usar o Windows 2000 para instalar o WSUS, porém se você puder utilizar o Windows Server 2003 será bem melhor.
Boa sorte, qualquer dúvida ou problema post aqui para que a comunidade possa lhe ajudar.