Eu gostaria de saber se existe a possibilidade de desativar os usuários no project online automaticamente quando o usuário for desativado no Active Directory ou removido do grupo de sincronismo com o project.
Por padrão, se você estiver sincronizando o Pool de Recursos do Project Online com o seu Active Directory, no momento em que acontece a sincronização os usuários são desativados no Project Online caso não estejam mais ativos no AD.
Aqui tem um link que oferece mais detalhes sobre essa configuração: