Olá Fabio,
Não existe nenhuma midia do SCCM com o R3 integrado, isto ocorre porque os pacotes presentes no R3 não são considerados packs de upgrade e sim de features, diferentemente dos service packs lançados para o produto.
Assim sendo você tera de instalar o R3 separadamente.
Abraços
Emerson Gomes - http://itchannelbr.wordpress.com/