Ola Jorge, depende muito de como é sua estrutura, depende do numero de computadores que tem em cada filial.
Se possui até 10 computadores nos sites menores voce pode instalar em um cliente a opção que torna ele um branch distribuiton cache, isso é as maquinas continuam comunicando com o site central mas baixam todos os updates e instalações
do software deste computador (pode ser uma estação de trabalho mesmo)
Se possui mais de 10 computadores o mais indicado é um site secundário mesmo, pois voce não necessita mais licenças ai e o gerenciamento fica centralizado, utlizando todos os sites a mesma base SQL.
só que ai voce tera que dar as permissões por site se o gerenciamento for feito em cada filial (estou entendendo como filial os sites que não o principal)
espero ter ajudado e qualquer duvida posta ai.
MCTS - SCCM
