Samuel,
Para que os usuários do AD apareçam no seu ISA é necessário que ele tenha acesso ao dominio, ou seja, o melhor cenário seria o seu ISA ter um dominio próprio e um trust one-way com o seu dominio onde estão os usuários.
Segue abaixo um artigo da Microsoft
http://www.microsoft.com/technet/isa/2004/plan/domainworkgroup.mspxNota: Voçê colocar o servidor como membro do dominio também funciona mas você coloca em risco a segurança do seu AD.
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