Olá Diogo,
Essa mensagem do Win 2003 é uma advertencia, ela nao impede que voce instale o SQL 2000 sem o SP3. Voce precisa primeiro finalizar a instalacao do SQL 2000 para depois aplicar o SP3.
Caso voce tenha instalado o SQL e nao esteja conseguindo aplicar o SP3, verifique se sua instalação do SQL 2000 foi concluida com sucesso e se o servico esta rodando. Voce pode verificar isso no Control Panel, Administrative Tools, Services, procure pelo servico MSSQLServer, ele deve aparecer na listagem e estar com status de Started (running). Caso nao esteja inicie ele. Agora se voce nao encontrar o servico MSSQLServer a instalacao do SQL nao foi concluida com sucesso (ou nao foi realizada). Ai voce vai ter que instalar o SQL.
Qualquer duvida, me retorne.
Abs.