Bom dia.
Amigo, nesse caso, acho melhor fazer uma reestruturação do seu ambiente, com clusterização ativo-ativo da aplicação ou do banco.
Você não tem nenhuma janela para parar o servidor? Qual o tamanho dos dados? Você pode exportar para outro local?
Pode fazer o seguinte:
Exporta os dados para outro local (um hd externo ou até mesmo o outro servidor), formata o antigo.
No antigo, faz um cluster ativo-ativo (pode ser pelo Windows ou até mesmo pelo Hyper-v, que pode ser uma boa no seu ambiente)
Pode separar os dados, pois os clientes vão enxergar um ip que responderá pelos dois servidores.
Você pode encontrar material aqui mesmo no technet para realizar essa ação!
Abraço e boa sorte!
MCP | MCTS | "O segredo do sucesso é o esforço" @allysonoliveira