Boa noite pessoal, consegui resolver esse problema da seguinta forma:
1º - Eliminei por completo o bendito vírus
2º - Tiver que pegar a midia de instalação do sistema operacional e adicionar os drivers da controladora Perc6 nele para carregar com o boot
3º - Fiz a instalação do Windows 2003 novamente na opção restaurar.
O Servidor voltou como era, não precisei voltar backup de nada, só realizar as atualizações via windows update, as estações de trabalho autenticaram também sem a necessidade de ter que remover e adiciona-las no dominio novamente.
Bruno.
