Ola, lf.silva, no caso nao e possivel subir um outro dominio que nao impacte a atividade dos usuarios e que caso haja exchange, que nao impacte o mesmo tambem.
Devido ao problema que encontrou tera de subir um dominio novo, e migrar os usuarios via CSVDE ou lDIF.
Em ultimo caso lf.fsilva tente
criar uma IFM do seu domain controller "saudavel" e subir um outro domain controller usando essa IFM para validar se as pastas replicam no sysvol e se as pastas do ADSIEDIT voltam a aparecer, se tiver sucesso despromova os demais DC`s que nao estao
aparecendo no ADSIEDIT, esta é uma ultima alternativa que consigo encontrar.
https://mizitechinfo.wordpress.com/2014/07/02/step-by-step-deploy-dc-using-ifm-in-windows-server-2012-r2/
Lf.silva, existe tambem a lixeira do windows server, que é a ldp.exe, de uma olhada se encontra tambem algo nela, eu vi no outro post que voce nao tinha lixeira habilitada mas pode ser que consiga usar o ldp.exe.
https://technet.microsoft.com/en-us/library/dd379509(v=ws.10).aspx
https://social.technet.microsoft.com/Forums/windows/en-US/347ac2a3-3a61-4eb4-973f-5e1e43072f79/cndeleted-objects-missing?forum=winserverDS
