Oi Cristiano, tudo bem?
No geral a migração é bem simples. Tenho certeza de que você não terá problemas.
O legal é saber o que NÃO é feito upgrade:
- Para versões com idiomas diferentes
- Mobile express 3.0
- CRM-Exchange email router
- CRM 3.0 list webpart
- Alguns conectores adiconais para Dynamics GP, Biztalk, DMP, Siebel
Outra consideração importante é que downgrades não são suportados, uma vez no 4.0, não pode mais voltar.
Não esqueça, utilize boas práticas, construa primeiro um ambiente de testes para testar sua migração, depois parata para a produção.
[]´s
Amorim