Boa tarde,
vc deve restaurar de um backup, pois se simplesmente copiar os arquivos, eles irão herdar as permissões da pasta superior.
Segundo a documentação, as permissões NTFS alteradas são sempre atualizadas pelo DFS:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc773238(WS.10).aspx
Att,
Fabiano Barreira
MCP + MCDST + MCSA & MCSE on Windows Server 2003 + MCTS + MCITP
Blog - http://fabianobarreira.wordpress.com
