Josinaldo
É possivel sim, você efetuar bloqueios pelo ISA para negar que os usuários façam download.
Lembra-se o seguinte, quando você for criar regras no isa, lembre-se que as regras são atribuidas por topicos, então faça um projeto antes de tudo conforme sua necessidade.
Você consegue, efetuar o bloqueio por filtros, declarando quais tipo de arquivos. *.exe, *.zip e dentre outros.
Segue em link, aonde você poderá estar aprimorando seus conhecimentos sobre ISA SERVER.
http://www.andersonpatricio.org/Tutoriais/Tutoriais.asp?Tut=666171
Espero ter ajudado.
Atenciosamente
Kelsen Lima