Segue script em PowerShell (.ps1).
Você só precisa alterar a pasta que será verificada, no exemplo eu estou executando na pasta 'C:\Teste'
dir 'C:\Teste' -Recurse | Where {$_.psIsContainer -eq $false} | Remove-Item -Force
Referências:
Running Windows PowerShell Scripts
http://technet.microsoft.com/en-us/library/ee176949.aspx
Fábio de Paula Junior
