Olá,
Os dados inseridos em uma tabela ficam em arquivos que estão dentro de um File Group, quando você particiona a tabela entre os File Groups a massa de dados é organizada entre os File Groups e, por consequência, dentro dos arquivos.
Você só terá massa dados duplicados caso criar um índice único não alinhado ao particionamento.
-- Ricardo Leka - http://leka.com.br