Ola Marcel,
Segue um tutorial: http://www.andersonpatricio.org/tutoriais/tutoriais.asp?tut=051
Te aconselho a fazer upgrade se ainda nao o fizeste para o SP2 do Exchange 2003, pq a tua base está chegando no limite e ele vai contar apenas os dados válidos da base, com isto tu pode ter uma base de 72GB mas de dados uteis 50GB, entende?
Antes do defrag, confirme que tenha um backup válido e reserve bastante tempo para esta tarefa.