Ambas opções são interessantes, mas eu particularmente partiria pro CentOS.
Existe também um monitor alternativo para o Nagios, chamado Zabbix que roda em Linux. Li muitos comentários na rede de que o Zabbix poderá vir a substituir o Nagios devido ao detalhamento das informações que coleta.
Sugiro uma pesquisa mais afundo sobre um comparativo entre os dois e tire suas próprias conclusões.
Quanto à virtualizar o monitoramento, pessoalmente não confiaria muito pois ao meu ver seria uma emulação, podendo trazer diferentes valores (latencia etc...) nos resultados. Devido a isso, penso que o Nagios ou Zabbix diretamente num sistema seria mais
confiável.
Logicamente podem existir melhores práticas para a sua finalidade, então recomendo que pesquise mais afundo sobre monitoramento virtualizado.
