Utilize o parametro /PERM para limpar as permissões, precisa de dois comandos: um para limpar e outro para adicionar as novas permissões
subinacl /subkeyreg "HKEY_LOCAL_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /PERM
subinacl /subkeyreg "HKEY_LOCAL_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /grant="Usuários"=F
No exemplo eu limpei e depois concedi permissão Full para Usuários.
Fábio de Paula Junior