Bom dia Tiago, sera necessário apenas a atualização e não envolve licenciamento.
De uma olhada nesse artigo que explica bem essa questão:
https://www.systemcenterdudes.com/sccm-2012-r2-sp1-upgrade/
Abraco!
Por favor, marque como resposta caso tenha lhe ajudado.
Rogerio Dias - MCT, MCSA, MCITP, MCTS, MCP, MS & ITIL
Roger Dias MCTS - Microsoft Certified Technology specialist MCITP - Server Administrator