André,
não precisas desabilitar nada, pois o SBS suporta até dois processadores físicos, mas múltiplos lógicos. Receberás um aviso, mas basta selecionares "I acknowledge all warnings" e seguir adiante.
Não há uma limitação de processadores lógicos no SBS, apenas atente para o fato que o ISA precisa estar com o SP2 ou SP3 instalado, ou precisarás ter uma cópia destes SPs quando for começar a instalação, senão alguns serviços do ISA não serão iniciados.
