André,
é isto aí que o Marco disse. É possível alterar as GPOs padrão, mas não é recomendável. Pessoalmente, nunca altero elas, prefiro criar outras.
A razão é simples. Gerenciamento. Fica complicado saber o que era default e o que foi alterado depois de um tempo de uso. As GPOs default são o local seguro. Deixando apenas elas ativas tudo irá funcionar, mas se alterar algo e demorar para identificar o problema, pode ser que nem se lembre mais o que alterou. Claro que se documentar suas alterações, outra coisa que sempre faço, conseguirás contornar este problema.
Em resumo, minha sugestão: Crie GPOs novas e documente o que criou nelas, além de dar nomes o mais auto-explicativos possível para elas.