Olá, pode estar corrompida a instalação ou algum programa está em conflito. Como primeiro procedimento, execute a ferramenta de reparação do Visio Professional.
http://office.microsoft.com/pt-br/visio-help/reparar-automaticamente-o-programa-visio-HP085052854.aspx
Depois tente esses passos:
Abra um arquivo do Visio e sem realizar nenhuma alteração, tente salvar no formato .vsdx e veja se há algum problema. Caso não pode ser alguma incompatibilidade com informações dentro do desenho;
Feche todos os programas que você utiliza junto com o Visio e tente salvar o arquivo para identificar se não há nenhum programa em conflito com o Microsoft Visio;
Tente salvar seu arquivo em outro diretório que o atual, pois poderá ser algum problema de dados do disco sendo necessário passar a ferramenta de recuperação de disco do Windows.
Espero ter ajudado.
