Ola Toni Anderson,
Tudo tranquilo? Cara a melhor forma é se vc tem o AD separado é fazer os seguintes passos macros:
#1. Subir uma nova máquina com 2003 com o mesmo nome e IP do Exchange Antigo
#2. Dar um reset na conta de máquina do Exchange no AD
#3. Instalar todos os pré-requisitos da para o exchange service pack e hotfixes de segurança e coloca-la no dominio
#4. Rodar um setup /disasterrecovery neste cara
#5. Cuidar para deixar as letras de unidades como eram antigamente
Com isto tu volta todo teu ambiente muito rápido.
Mas caso o AD seja único e estivesse nesta mesma máquina, ai complica, tu pode voltar o system state, e ainda temos a opção de ferramentas de terceiros que fazem este processo de gerar um pst do teu edb para vc não perder as mensagens, se eu não me engano o nome é ontrack da empresa que faz isso.