Olá Fabio,
Para poder te ajudar preciso saber basicamente de uma coisa:
A sua zona DNS é integrada ao AD?
Se a zona for integrada ao AD, no momento da promoção do AD 2008 e configuração do serviço de DNS no servidor, ele configura a zona DNS do domínio neste novo DC/DNS Server 2008. Se tu verificar na zona DNS, que está presente no DC 2008, no registro do SOA da zona deverá conter o nome do servidor 2008 como SOA do domínio DNS.
Em zonas integradas ao AD, todos servidores são SOA do domínio, então quando tu remover o outro DC (2003) este servidor já estará configurado para atender as requisições DNS, daí basta ajustar os apontamentos para esse novo DNS Server.
Grande Abraço,
Marcelo Vighi
MCSA\MCSE Security Windows 2000/2003
MCITP: Server Administrator
MCITP: Enterprise Administrator