Tente isto:
1) Use um FOR para ler cada linha do arquivo original
2) A cada "volta" do loop compare com o c:\etiquetas, se for diferente dê saida para o
arquivo novo o mesmo valor da linha, se for igual, dê saida com \\fileserver\etiquetas.
3) apague o arquivo original e renomeie o arquivo novo
Se não funcionar poste o código.
Ref.:
FOR loops
http://www.robvanderwoude.com/for.php
Fábio de Paula Junior