Fabio,
Eu recomendo você instalar em um servidor separado do AD e do servidor de aplicações. Seu ambiente é relativamente grande por isso seria mais fácil administrar em um ambiente separado o WSUS, lembre-se que o WSUS pode ser
instalado em ambiente virtual.
Se precisar, segue o link de como instalar o WSUS.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc708515(WS.10).aspx
[]'s
Lessandro Zampieri - http://lezampieri.wordpress.com