Boa noite Thiago,
Você não conseguirá atualizar seu Windows 2003 para o 2012 com o CD de instalação. O correto é instalar o 2012 Server em outro máquina e puxar todas as configurações do Active Directory, tornando-se um domínio secundário. As Cals de acesso simultâneo e RDS,
deverão ser renovadas para acesso ao Windows Server 2012.
Espero que ajude e qualquer dúvida estou a disposição.
Grande abraço
Vinicius Mozart || MVP - Group Policy || vinicius.mozart@terra.com.br || http://www.wenz.com.br