Sergio,
O SBS só pode existir num domínio se for o DC primário, caso contrário, apresentará este desligamento automático, o qual você pode verificar pelo log de eventos.
A Microsoft descontinuou o Transition Pack, que é a ferramenta necessária para migrar o seu ambiente:
http://support.microsoft.com/kb/555073?wa=wsignin1.0
Neste post, você pode ler um caso parecido com o seu, no qual a melhor dica é a criação de um novo domínio:
http://community.spiceworks.com/topic/98105-how-to-migrate-from-sbs-2003-r2-to-windows-server-2008-enterprise
Neste link, eis o site de um MVP especialista no assunto, chamado Jeff Middleton. Você pode comprar a documentação dele para migração de acordo com o seu cenário:
http://www.sbsmigration.com/
Boa sorte.
Paul Haro - Microsoft Certified Professional
