Olá Diromi,
Caso o seu servidor AD secundário estava sincronizado certinho com seu servidor principal antes do mesmo cair. Não é necessário restaurar o backup do System State na verdade não é nem boa prática isso.
O backup do System State só deve ser restaurado em último caso. Se os dois estava sincronizado você vai ter que transferir as FSMO via NTDS util aplicativo via linha de comando, abaixo segue um tutorial com o procedimento de realizar essa
transferencia.
http://support.microsoft.com/kb/255504/pt
Até mais.
André Angelo Cantello | Se a informação foi util p/ você por favor classifique.